在结构上，PEG链连接在菁染料分子上，末端的巯基使其具有了与生物分子进行化学反应的能力。巯基是一种高活性的化学基团，可以与含有活性巯基的生物分子（如蛋白质、多肽等）或生物材料（如金纳米粒子）发生反应，形成稳定的共价键。这种特性使得Cy3-PEG-SH能够用于生物分子的荧光标记和生物材料的表面修饰。

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