AF647甲基四嗪广泛应用于生物分子的荧光标记和成像。它可以与含有DBCO基团的生物探针发生“点击化学”反应，将荧光染料共价连接到目标分子上。这种连接方式具有高度的特异性，能够实现对生物分子的标记。

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