磺化Cy3-N-羟基琥珀酰亚胺酯（Sulfo-Cy3 NHS Ester）是一种水溶性红色荧光染料活性酯，属于三甲基甲烷类（cyanine）荧光探针。其分子结构在Cy3核心骨架上引入磺酸基团，使其具有良好的水溶性，减少了染料在水相环境中的聚集和自猝灭效应。

这类染料的激发波长通常在 550 nm 左右，发射波长约为 570 nm，发射光亮丽，荧光量子产率较高，背景噪声较低，特别适用于荧光成像、流式细胞术、荧光原位杂交（FISH）及蛋白标记等生物分析领域。

NHS（N-羟基琥珀酰亚胺）酯活性基团赋予该染料与生物大分子偶联的便利性，尤其能高效地与蛋白质、肽或其他含伯胺基团的分子通过酰胺键形成稳定的共价连接。这种偶联化学通常在温和的pH（7.2–8.5）条件下进行，适合对生物活性分子敏感的实验环境。

磺化Cy3 NHS酯的高度亲水性使其在纯水溶液、PBS缓冲液及多种生物体系中均易于溶解，简化了染料的使用流程，并减少非特异性结合。

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