该染料广泛用于合成荧光标记探针、核酸引物、蛋白质偶联物以及各种生物分析平台中的荧光报告分子。因其出色的光稳定性和良好的水溶性，6-Rhodamine X carboxylic acid 在荧光检测、生物成像、FRET（荧光共振能量转移）以及qPCR探针开发中均有广泛应用。

结构特点
6-Rhodamine X carboxylic acid 的核心为 罗丹明X（Rhodamine X）染料结构，具有以下几大特征：

罗丹明三环骨架：提供强荧光的芳香稠环体系，形成稳定的共轭电子结构；

6-羧基修饰：使其具备可用于偶联反应的羧基官能团，可通过 NHS 活化等方式连接至蛋白质、寡核苷酸、抗体或聚合物；

X-linker（“X”连接臂）：通常在结构中引入较长的连接链（如烷基链），减少空间位阻，使偶联更灵活，避免对目标分子构象造成影响。

化学反应活性与应用
羧基的引入使 6-Rhodamine X carboxylic acid 成为生物偶联和荧光探针开发中的重要中间体。

1. 活性酯衍生化（NHS 酯）
通过将羧基与 N-羟基琥珀酰亚胺（NHS）和 EDC 反应，可以制备其活性酯形式（ROX-NHS），用于氨基反应位点的偶联，如蛋白质的赖氨酸残基。

2. 核酸标记
在寡核苷酸合成中，6-ROX-COOH 常被作为荧光基团用于 5或 3端标记，可参与qPCR荧光探针（如 TaqMan 探针）的合成。

3. FRET探针构建
作为 FRET 中的能量受体（acceptor），与荧光供体（如 FAM 或 HEX）配对，用于设计荧光传感器、酶促反应监测或相互作用检测。

4. 蛋白质标记与示踪
6-Rhodamine X carboxylic acid 可间接用于标记蛋白质，通过 NHS 酯化后与蛋白质共价结合，用于流式细胞术、免疫印迹、共聚焦显微成像等。

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