Cy5.5-COOH 是一种具有羧基（–COOH）官能团的花青素衍生荧光染料，是 Cy5.5 系列长波长荧光染料的重要结构类型。该分子在 Cy5.5 的光学发色团基础上引入了可反应的羧基，使其不仅具有强烈的近红外发射特性，还能通过化学偶联与多种功能分子或材料表面形成稳定的共价键。Cy5.5-COOH 常被用作合成其他活性衍生物（如 Cy5.5-NHS、Cy5.5-Amine、Cy5.5-Maleimide）的前体，是构建荧光标记体系和多功能探针的重要中间体。

化学结构与性质
Cy5.5-COOH 的分子骨架源自花青素（Cyanine）类染料体系，其核心结构由两个吲哚环（indole ring）或喹啉环（quinoline ring）通过多烯链（polymethine chain）连接形成共轭体系。这种共轭结构赋予染料强烈的吸收和发射能力，通常在近红外波段表现出优异的光学特性。羧基（–COOH）位于侧链末端，具有良好的化学活性，可被进一步活化为 NHS 酯或与胺基发生酰胺化反应。

在物理化学性质上，Cy5.5-COOH 呈深蓝紫色固体，溶于 DMSO、DMF、乙醇等有机溶剂，在含表面活性剂或碱性缓冲液中也可分散于水中。其羧基提供弱酸性，使分子在水溶液中部分电离，带负电荷，从而在一定程度上提升了其水溶性。

光学特性
Cy5.5-COOH 属于长波长近红外花青素染料系列，其典型吸收峰位于 675 ± 5 nm，发射峰位于约 694 ± 5 nm，荧光量子产率较高，光漂白速率低，适合长时间成像或信号检测。由于其发射波长较长，可有效避免背景自发荧光干扰，具有高信噪比的检测效果。

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