Cy3 亚磷酰胺（Cy3 Amidite） 是基于 Cyanine3（Cy3）荧光染料 的功能化核苷酸衍生物，常用于寡核苷酸标记和核酸修饰实验。Cy3 荧光团激发波长约为550 nm，发射波长约为570 nm，提供高亮度的绿色至橙色荧光信号。亚磷酰胺化的 Cy3 允许其在固相寡核苷酸合成（Solid-Phase Oligonucleotide Synthesis, SPOS）中直接引入荧光标记，实现高效、可控的荧光修饰。Cy3 Amidite 具有良好的化学稳定性和反应选择性，使其成为核酸研究和荧光标记实验中常用的工具。

一、化学特性

1. 荧光核心
   Cy3 荧光团由共轭吲哚或苯并吲哚体系构成，形成连续的 π 共轭体系，保证荧光亮度和稳定性。其化学结构耐受固相合成条件下的有机溶剂和酸碱环境。

2. 亚磷酰胺官能化
   亚磷酰胺（Amidite）官能团是固相寡核苷酸合成中的活性单位，能够与寡核苷酸末端的羟基发生高效磷酸酯化反应。Cy3 的亚磷酰胺衍生物通过短链连接到染料分子，使其在合成过程中定位可控，同时保持荧光团的化学和光学性能。

3. 溶解性与反应条件
   Cy3 Amidite 可溶于干燥的有机溶剂（如乙腈、THF），适合固相合成环境。其亚磷酰胺活性在无水条件下高效，能与寡核苷酸末端羟基在酸性催化条件下完成共价连接。

二、实验用途

Cy3 亚磷酰胺在分子生物学和化学研究中主要用于以下实验用途：

1. 寡核苷酸标记
   Cy3 Amidite 可直接用于固相寡核苷酸合成，在 5’ 或 3’ 端引入荧光标签。标记后的寡核苷酸可用于荧光杂交实验、分子探针设计及核酸检测。其高荧光量子产率保证信号强度，适合微量检测和高灵敏度实验。

2. FRET（荧光共振能量转移）实验
   通过 Cy3 的橙色荧光特性，可与合适的受体染料（如 Cy5）组成 FRET 探针，用于研究分子间相互作用、构象变化及核酸动力学。亚磷酰胺标记提供位置可控性，使 FRET 信号可靠且可重复。

3. 核酸分子示踪
   Cy3 标记的寡核苷酸可在细胞内追踪转录、转运或局部化行为。荧光信号可用于实时成像或荧光显微镜分析，研究核酸在生物体系中的分布和动态变化。

4. 生物传感与杂交探针
   Cy3 Amidite 可与寡核苷酸结合，形成荧光探针，用于检测 DNA/RNA 序列、突变或微量核酸。其高亮度荧光和稳定化学性质提高了探针敏感性和信噪比。

5. 多通道荧光实验
   Cy3 荧光在绿色至橙色波段，与 DAPI、FITC 等其他荧光染料兼容，可用于多通道核酸标记实验，实现同一体系中多种分子或序列的同时分析。

三、使用注意事项

• 合成过程中保持无水环境，防止亚磷酰胺水解导致标记效率下降。

• 存储应避光、低温干燥，以保持荧光性能。

• 偶联后可通过 HPLC 或 PAGE 纯化，去除未反应残余物，提高标记寡核苷酸纯度。

厂家：瑞禧生物

产品目录

IR-1061-TCO
IR780标记磷酸三苯酯 IR780-TPP
Lyso-Tracker Green，溶酶体绿色荧光探针，
Lyso-Tracker Red，溶酶体红色荧光探针，