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Cy3-ODN19,CY3标记的ODN19的化学特性

时间:2025-12-09 09:38:28       浏览:82
Cy3-ODN19,CY3标记的ODN19的化学特性

Cy3-ODN19 指在寡核苷酸序列 ODN19 上共价引入 Cy3 花菁染料后得到的荧光核酸探针体系。该分子由三部分组成:含磷酸二酯骨架的 19-mer 寡核苷酸链、用于连接的化学臂段以及带有连续 π 共轭体系的 Cy3 染料结构。Cy3 属于三甲烯型花菁染料,由多甲烯链连接两个氮杂芳香环形成刚性共轭框架,其吸收与发射位点清晰,通常位于约 550 nm 与 570 nm 附近;染料结构可带有磺酸基或其他亲水取代基,以提升水分散性并减少非特定相互作用。ODN19 作为寡核苷酸序列,具有由碱基、脱氧核糖与磷酸二酯键构成的线性链结构,在水相中带负电,随 pH 上升电离度增强,呈现较强的亲水性与良好溶解性。

Cy3 与 ODN19 的结合主要通过核酸合成中的磷酰胺化策略或后期溶液偶联实现。在固相合成中,Cy3-磷酰胺化单元可作为末端修饰在核苷酸链延伸完成前被接入,使染料通过稳定的磷酰胺键或酰胺键固定在 5′ 或 3′ 端。若采用溶液标记方式,常使用 Cy3-NHS 酯与 ODN19 中预留氨基发生亲核加成反应,生成酰胺键;也可利用 Cy3-叠氮或炔基与预修饰核酸链进行点击化学连接,生成稳定的三唑环结构。上述连接方式均能在温和条件下完成,不影响寡核苷酸链的碱基识别能力。

标记后形成的 Cy3-ODN19 在水相中保持核酸探针的常见行为:链段在溶液中呈柔性线状构象,其二级结构取决于序列自身的互补区域、离子强度以及温度变化。染料位于链端或特定侧位,不会显著改变 ODN19 的电荷分布,但可能对局部微环境产生一定的疏水性或立体影响,使分子在不同极性的介质中呈现轻微构象差异。材料整体呈带色溶液,颜色深浅由 Cy3 的浓度和取代度决定。

在化学稳定性方面,Cy3-ODN19 的核酸部分对中性水溶液具较好耐受性,但在强酸或强碱条件下磷酸二酯键可能发生断裂;Cy3 的共轭结构在常规光照下能保持相对稳定,强光照射或高温条件下荧光可能逐渐减弱。其光谱性质会受到溶剂极性、离子浓度与链构象的细微影响,例如氯离子浓度增加可能造成染料局部环境变化,使荧光强度出现小幅调整。

在金属离子存在的体系中,ODN19 主链的负电荷可与阳离子发生屏蔽与配位,使链段柔性、溶液黏度和构象平衡产生变化;Cy3 本身不直接与金属离子螯合,但其周围微环境可因核酸链状态的改变而出现光谱响应上的轻微差异。整体而言,Cy3-ODN19 兼具荧光标记特性与寡核苷酸的序列识别性,可在水相体系中保持较高化学稳定度,并在不同实验条件下呈现可预测的光学与化学行为。

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产品名称:Cy3-ODN19,CY3标记的ODN19
纯度:95%+
规格:mg/g
用途:科研

厂家:瑞禧生物


产品目录

CY7.5-Zingibroside R1 CY7.5标记姜状三七苷R1
CY7.5阿糖胞苷 CY7.5-Cytarabine
CY7.5扁桃酸 CY7.5-Mandelic Acid
CY7.5标记3-吲哚丙酸 CY7.5-3-Indolepropionic acid
CY7.5标记D谷氨酸 CY7.5-D-Glutamic Acid
CY7.5标记L谷氨酸 CY7.5-L-Glutamic Acid

仅用于科研,不能用于人体。小编axc
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