CY3-RNA 指在 RNA 分子上通过共价方式引入 Cy3 花菁染料后形成的荧光标记核酸体系，其整体由 RNA 链、连接臂段及 Cy3 荧光团构成。RNA 分子由核糖、磷酸二酯键和碱基组成，具有线性或局部二级结构特征，在水相中表现出亲水性和一定的柔性构象。Cy3 属于三甲烯型花菁染料，其结构由两个氮杂芳香环通过多甲烯链相连形成连续 π 共轭体系，在可见光区域具有明确的吸收峰（约 550 nm）和发射峰（约 570 nm），常用于 RNA 分子在体外或细胞体系中的可视化追踪。

Cy3-RNA 的形成依赖于化学反应原理，主要涉及将活化的染料基团与 RNA 链上的反应位点通过共价键连接。常用的标记方法包括固相合成引入和溶液后标记两种策略。在固相合成中，Cy3 可以作为带保护基的磷酰胺化单元被引入到 RNA 链的 5′ 或 3′ 末端，反应原理基于磷酰胺与核苷酸链端的羟基或氨基之间形成稳定的磷酰胺或酰胺键。在溶液后标记策略中，RNA 分子常先在链端或碱基修饰引入氨基、巯基或炔基作为反应位点。Cy3-NHS 酯可与 RNA 上的氨基发生亲核加成反应，形成酰胺键；反应机理包括氨基对酰基碳的亲核攻击、形成四面体中间体，随后活化基团离去，生成稳定的共价连接。若 RNA 预修饰有叠氮基或炔基，Cy3-炔基或叠氮基可通过点击化学 [3+2] 环加成反应生成三唑环，实现高稳定度的标记。点击反应的原理为叠氮与炔基在铜催化剂存在下进行环化，形成稳定的三唑环结构，该结构在水溶液和生理条件下表现出良好的化学耐受性。

Cy3-RNA 的连接位点通常选择在不干扰 RNA 二级结构或碱基配对能力的区域，如链端或非配对区。反应原理确保染料通过柔性连接臂附着在 RNA 链上，使 Cy3 的芳香体系保持光学活性，同时 RNA 链保持可溶性和生物活性。反应条件一般为弱碱性、低温或室温，避免 RNA 主链水解或碱基降解。完成标记后，Cy3-RNA 可通过高效液相色谱或凝胶过滤进行纯化，以去除未反应的自由染料，确保体系中荧光信号来自已标记的 RNA 分子。

整个反应原理核心在于利用 RNA 链上的可反应官能团与 Cy3 的活化基团之间进行选择性共价键合，形成稳定的酰胺键、磷酰胺键或三唑环结构，同时保持 RNA 的结构和功能完整。标记完成的 Cy3-RNA 在水相体系中呈分散状态，荧光特性稳定，可用于 RNA 分子的追踪、定位、动力学研究及体系内分布分析，为 RNA 生化和细胞实验提供可靠的光学探针。

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CY7.5标记儿茶素 CY7.5-EGCG
CY7.5标记二十二碳五烯酸 CY7.5-DPA
CY7.5标记二硬脂酰基-sn-甘油-3-磷酰乙醇胺 CY7.5-DSPE
CY7.5标记二油酰基-sn-甘油-3-磷酰乙醇胺 CY7.5-DOPE