CY5.5-COOH是一种带有羧基功能团的近红外荧光染料，核心为花青素CY5.5。羧基的引入赋予了染料较高的水溶性，同时提供了广泛的化学修饰可能性，可通过活化反应（如EDC/NHS）与胺类分子共价结合，从而实现蛋白质、肽或小分子药物的特异性标记。

化学性质与结构特征：
CY5.5-COOH分子包括一个荧光核心CY5.5和末端羧基（–COOH）官能团。CY5.5核心具有高量子产率的近红外荧光，激发波长约675 nm，发射波长约695 nm。羧基可以参与酰胺化反应，与胺基形成稳定的酰胺键，使CY5.5-COOH成为一种通用的生物偶联染料。此外，羧基也赋予染料一定的亲水性，提高其在水相中的溶解性和生物相容性。

溶解性与储存：
CY5.5-COOH易溶于极性有机溶剂（如DMSO、DMF）及缓冲溶液，尤其在pH 7–9的条件下羧基可部分去质子化，提高溶解性。储存时应避光、低温干燥，避免强光和空气湿气导致降解。冻干粉末可在−20 ℃长期保存，保持化学活性。

应用领域：
CY5.5-COOH广泛用于生物标记和成像研究，主要包括：

1. 蛋白质和多肽偶联：羧基活化后可与胺基共价结合，形成稳定的标记蛋白，用于荧光分析或体内追踪；

2. 药物分子标记：用于药物递送研究，通过荧光追踪药物在细胞或组织内的分布；

3. 生物传感器开发：与传感器材料结合，实现荧光检测和分子识别功能；

4. 体内成像：近红外光谱特性使其适合深层组织成像，减少自发荧光干扰，提高信噪比。