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CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺,反应机制

时间:2025-12-29 09:43:02       浏览:55
CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺,反应机制

中文名称:CAL Fluor Orange 560 C6 修饰脱氧胸苷磷酰胺
(亦称:CAL Fluor Orange 560 C6 dT Amidite、橙色荧光标记脱氧胸苷磷酰胺单体)

反应机制(约600字):
CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺是一种用于固相核酸合成的荧光标记磷酰胺单体,其结构由脱氧胸苷(dT)骨架、六碳柔性连接臂(C6)和荧光染料 CAL Fluor Orange 560 组成,并在 3′ 位带有可参与磷酰胺化反应的三价磷原子活性中心。该设计使分子在自动 DNA 合成过程中可稳定引入红橙色荧光标记。

其化学反应机制主要包括以下几个环节:

  1. 磷酰胺化反应活化
    CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺在无水有机溶剂(如乙腈)中溶解后,利用活化剂(如四苯基膦或二异丙基氨基氯化亚磷衍生物)将磷酰胺活性增强。活化后的磷原子呈现亲电性,可与固相载体上的羟基发生亲核取代反应。

  2. 偶联反应
    在固相合成过程中,固相载体上的 5′-羟基或其他核酸链羟基对活化的磷原子进行亲核攻击,形成磷酸二酯键,从而将 CAL Fluor Orange 560 荧光标记通过 C6 柔性连接臂稳定地引入核酸链中。C6 连接臂提供空间缓冲,降低荧光染料与核酸骨架之间的相互作用,使荧光性能保持稳定。

  3. 氧化稳定化
    形成的磷酸三酯中间体通过氧化处理(如碘溶液氧化)转化为稳定的磷酸二酯结构。该步骤保证荧光标记在后续洗脱和分析过程中不发生降解,同时使荧光标记与核酸链牢固结合。

  4. 脱保护与清洗
    在磷酰胺化完成后,保护基(如 DMT)在温和酸性条件下去除,暴露出标记后的核酸链末端羟基,以便进行下一轮延伸或进一步修饰。整个过程中,通过洗脱和干燥步骤去除多余试剂和副产物,确保标记效率和分子纯度。

瑞禧生物供应磷脂、高分子聚乙二醇衍生物、磁性纳米颗粒、纳米金、近红外荧光染料、荧光量子点、碳纳米管、石墨烯及多种功能高分子材料。如有需求可咨询

纯度:95%+
规格:mg/g
用途:科研
厂家:瑞禧生物

产品目录

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CY5标记的依维莫司
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