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CAL Fluor Red 635 Amidite,红色荧光标记核苷磷酰胺单体的合成路线

时间:2025-12-29 09:58:03       浏览:54
CAL Fluor Red 635 Amidite,红色荧光标记核苷磷酰胺单体的合成路线

中文名称:CAL Fluor Red 635 标记磷酰胺化脱氧核苷
(亦称:CAL Fluor Red 635 dT Amidite、红色荧光标记核苷磷酰胺单体)

CAL Fluor Red 635 Amidite 是一种功能化磷酰胺单体,用于寡核苷酸的固相合成,可在 DNA 或 RNA 链中引入红色荧光标记。其主要特点是在脱氧核苷骨架上通过灵活连接臂连接 CAL Fluor Red 635 荧光染料,使标记后的寡核苷酸能够在生物实验中提供可追踪的荧光信号。

该单体在核酸合成过程中可用于 5′ 端或内部位点的修饰。标记后的寡核苷酸广泛应用于原位杂交、实时荧光定量 PCR(qPCR)、核酸微阵列以及多色荧光成像实验。其红色荧光波段适合与其他荧光染料组合使用,实现多重标记和分子示踪。

在化学稳定性方面,CAL Fluor Red 635 Amidite 具有良好的光学稳定性和磷酰胺化反应活性,可在自动核酸合成条件下顺利引入核酸链,并在缓冲体系中保持荧光性能,为后续实验提供可靠信号。

CAL Fluor Red 635 Amidite 的合成通常包括荧光染料合成、核苷连接及磷酰胺化三个核心步骤:

  1. 荧光染料合成
    首先合成 CAL Fluor Red 635 染料核心,该染料具有共轭芳香体系,赋予其特定的激发和发射波长。染料核心通常通过缩合反应或偶联反应形成,确保光学性质稳定,并引入可用于后续偶联的活性官能团(如羧基或氨基)。

  2. 染料与核苷偶联
    将荧光染料通过柔性连接臂(如烷基链或聚醚链)与脱氧核苷(通常为 dT)共价连接。偶联过程中采用活化试剂(如 DCC 或 NHS 酯),通过酰胺键或醚键将染料固定在核苷骨架上,保证标记位置可控,连接臂提供空间缓冲,避免荧光性能受核酸骨架影响。

  3. 磷酰胺化处理
    将染料修饰的核苷在 3′ 位引入磷酰胺保护和活性基团(如 2-cyanoethyl N,N-diisopropylchlorophosphoramidite),形成可参与固相合成的磷酰胺单体。磷酰胺化步骤保证在 DNA 合成循环中能够高效偶联,并在链延伸过程中保持标记稳定。

  4. 纯化与表征
    最终产物通过高效液相色谱(HPLC)或薄层色谱(TLC)进行纯化,以去除未反应染料和副产物。纯化后的 CAL Fluor Red 635 Amidite 可作为干燥固体储存,也可溶于干燥有机溶剂备用,用于自动化核酸合成。

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纯度:95%+
规格:mg/g
用途:科研
厂家:瑞禧生物

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