PerCP-Cy5（PerCP-Cy5，多甲藻叶绿素蛋白-花青素5）是另一种基于PerCP供体与Cy5受体偶联的tandem荧光染料，与PerCP-Cy5.5同属一个tandem染料家族，但受体染料从Cy5.5替换为Cy5，导致发射光谱发生约15 nm的蓝移。英文全称为Peridinin-Chlorophyll Protein-Cyanine 5，中文名称为多甲藻叶绿素蛋白-花青素5。补充英文名包括：PerCP-Cy5 Tandem、PerCP-Cyanine5 Conjugate、Peridinin-Chlorophyll-Cy5。

PerCP-Cy5的供体部分与PerCP-Cy5.5完全相同，均为多甲藻黄素叶绿素蛋白（PerCP），吸收峰位于480 nm，*大发射约675 nm。区别在于受体染料：PerCP-Cy5使用Cy5（发射峰670 nm），而PerCP-Cy5.5使用Cy5.5（发射峰694 nm）。这一差异看似微小，但在多色流式分析的通道分配中具有决定性意义。

从能量转移效率来看，PerCP到Cy5的FRET效率略低于PerCP到Cy5.5。原因在于Cy5的吸收光谱与PerCP的发射光谱重叠程度稍逊于Cy5.5，导致Förster距离（R₀）略小。实际应用中，PerCP-Cy5的荧光强度通常比PerCP-Cy5.5低10-20%，但其发射峰更靠近APC（660 nm）通道，在某些特定的配色方案中具有不可替代的位置。

在多色面板设计中，PerCP-Cy5与PerCP-Cy5.5的组合使用可实现更精细的光谱分离。例如，在一个8色面板中，可将PerCP-Cy5分配至670/20 nm滤光片通道，PerCP-Cy5.5分配至695/40 nm通道，两者之间的光谱交叉可控制在5%以下。这种设计使同一激光线（488 nm）可驱动两个独立的检测通道，有效倍增可用参数数量。

与单独使用Cy5相比，PerCP-Cy5的优势在于激发波长的灵活性。游离Cy5需要633 nm红光激光激发，而PerCP-Cy5仅需488 nm蓝光激光即可高效激发。在仅配备488 nm和633 nm双激光的流式细胞仪上，PerCP-Cy5可将488 nm通道的利用率*大化，而无需占用633 nm通道。这对于激光配置有限的仪器尤为重要。

PerCP-Cy5在海洋微生物生态学研究中有独特应用。由于PerCP本身来源于海洋多甲藻，其光谱特性与海洋样品中的叶绿素荧光有一定关联，在藻类群落分析中，PerCP-Cy5偶联的抗体可用于区分不同藻类种群，同时利用PerCP供体的特性减少叶绿素自发荧光的干扰。

在材料标记领域，PerCP-Cy5可用于多色编码纳米粒子。将不同比例的PerCP-Cy5与其他荧光染料偶联至同一批次纳米粒子上，可制备具有不同荧光"指纹"的编码粒子，用于高通量筛选和多重检测。

合成上，PerCP-Cy5的制备采用与PerCP-Cy5.5类似的化学偶联策略。PerCP蛋白上的赖氨酸残基与Cy5-NHS酯在弱碱性缓冲液（pH 8.5）中反应，控制染料/蛋白比（D/P比）在3-5:1以保证足够的能量转移效率。偶联产物经凝胶过滤层析纯化，去除游离染料。

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