Cy5.5-COOH，全称Cyanine5.5-Carboxylic Acid，别称Cy5.5-Carboxy、Cy5.5-羧酸、Cy5.5-羧基，CAS编号1144107-80-1，是高纯度近红外花菁染料功能中间体，属于羧酸活化型荧光母体分子，凭借稳定的共轭发色体系与可修饰羧基活性位点，是荧光探针衍生合成、染料光谱调控、生物分子标记修饰研究的基础核心试剂。该分子是Cy5.5系列所有偶联探针的核心前体，其理化特性与光学性能直接决定了衍生染料的整体品质，在荧光化学合成与光谱基础研究中占据核心地位。

从分子结构与光学特性来看，Cy5.5-COOH拥有完整的七甲川花菁共轭结构，分子共轭体系稳定，*大吸收波长与发射波长处于近红外*优成像波段，具备荧光量子产率高、光漂白抗性强、光谱半宽窄的优异光学特性，成像精准度极高。分子末端的游离羧基为核心活性位点，可通过碳二亚胺交联反应与氨基、羟基等活性基团发生高效偶联，可灵活修饰多肽、蛋白、多糖、纳米材料、高分子聚合物等多种底物，衍生化反应条件温和、副产物少、产物纯度高。该染料水溶性与有机溶剂兼容性兼具，适配各类合成反应体系与生物检测体系。

在非临床科研领域，该化合物核心应用于荧光染料合成衍生与光谱特性基础研究。在合成化学领域，可作为通用荧光母体，通过羧基活化修饰制备各类功能化Cy5.5探针，包括多肽偶联物、脂质偶联物、靶向小分子偶联物等，是定制化荧光探针研发的核心原料。在光谱学研究中，可用于探究溶剂极性、pH值、温度对花菁染料光谱参数的影响规律，解析共轭结构与光学性能的构效关系，为新型高性能近红外染料的结构设计与优化提供理论支撑。

此外，该染料可作为标准荧光参照品，用于荧光检测体系的校准、荧光仪器参数标定与实验方法验证，保障各类荧光实验数据的准确性与统一性。其化学纯度高、结构稳定、批次差异小，长期低温储存无结构降解与光谱衰减，是荧光合成化学、光谱基础研究、探针定制研发领域不可或缺的标准化基础试剂。

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