有些情况下，还可以将荧光分子修饰到生物分子、药物以及纳米载体表面，在研究生物分子功能、药物分布和代谢、疾病尤其是肿瘤的诊断与治疗中发挥有重要作用。

血清蛋白（BSA）是血浆中存在最丰富的蛋白之一，它对内生或外源性配体在血液中的运输、沉积起到重要作用。用BSA对近红外荧光染料进行修饰，不仅可以增加水溶性和生物相容性，还可以提高它们的荧光强度。西安瑞禧生物科技有限公司常用的有CY3-BSA,

CY5-BSA，CY5.5-BSA，Streptavidin-CY5，Concanavalin A-CY5.5等等

为了提高对肿瘤等病灶的荧光成像检测的灵敏性，可以将与肿瘤细胞中特有的受体准确结合的靶分子修饰到近红外荧光染料上。当用于肿瘤的诊断与治疗时，有助于将染料分子靶向的送达肿瘤组织或细胞部位，提高成像时的特异性、灵敏性。目前常用的靶向分子包括如叶酸、单克隆抗体和一些多肽分子等。例如，在许多的肿瘤组织中存在叶酸受体过表达的现象，因此用叶酸对近红外荧光染料进行表面修饰可使其能选择性的富集于肿瘤组织中，特别适用于肿瘤的早期检测。比如有CY5-PEG-FA  CY7-PEG-FA等等产品。

近红外荧光染料用于生物成像时，除了具有近红外吸收/发射波长、还荧光具有良好的水溶性和较低的生物毒性，特异的组织或细胞靶向性以及良好的细胞穿透性等，从而达到更安全、高效、灵敏的荧光成像目的。

为了提高近红外荧光染料的水溶性和生物相容性和较低的生物毒性，可以将一种高分子聚合物材料-聚乙二醇（PEG）修饰到荧光染料上，常见的有CY3-PEG-MAL,Cy5-PEG-NH2,

Rhodamine B-PEG-NHS, CY7-PEG-COOH等等，经过PEG修饰后的荧光染料还具有较长时间的体内循环。

生物荧光成像：

近红外荧光探针可对细胞或组织内的一些重要物质如活性氧（H2O2、氢氧自由基、单线态等）、活性氮（ONOO－、NO、NO+等）、硫醇、H2S、金属离子（Cu2+、Zn2+、Hg2+等）、酶、pH等进行检测。

近红外荧光染料也可以作为一种辅助手段修饰到药物或药物载体的表面，通过荧光成像的方法追踪并检测药物在体内的运输、释放、分布，使这些过程可视化并利于进行控制。例如将荧光分子与喜树碱用双硫键连接，封装于PEG-PLA纳米粒中，由于肿瘤组织中富集的GSH能有效切断双硫键，使得荧光分子荧光增强，而喜树碱则用于杀死癌细胞，能同时实现靶向送药和可视化检测疗效等多重目的。

Streptavidin-CY5

Streptavidin-CY3

Streptavidin-TRITC

Streptavidin-FITC

Streptavidin-thiol

Avidin-CY3

Avidin-CY5

Avidin-CY5.5

Avidin (without modification) 

Avidin-Sepharose

Avidin-thiol

Avidin-FITC

Avidin-TRITC

Serumalbumins (BSA,HSA)牛血清白蛋白和人血清白蛋白产品：

HAS- Sepharose beads

HSA-SH

HSA-Biotin

HSA-TRITC

HSA-FITC

HSA-CY5

HSA-CY3

HSA-CY5.5

HSA, without modification

BSA-Sepharose beads

BSA-SH

BSA-Biotin

BSA-TRITC

BSA-FITC

BSA-CY5

BSA-CY3

BSA-CY5.5

BSA, without modification

BSA-tetramethylrhodamine

ConcanavalinA刀豆求蛋白A产品：

Concanavalin A-CY5

Concanavalin A-CY3

Concanavalin A-CY5.5

Concanavalin A-Sepharose

Concanavalin A-Biotin

Concanavalin A-SH

Concanavalin A-tetramethylrhodamine

Concanavalin A-FITC

Concanavalin A (without modification)

ProteinA (recombinant)产品：

Recombinant Protein A-CY5

Recombinant Protein A-CY3

Recombinant Protein A-CY5.5

Recombinant Protein A-peroxidase (HRP)

Recombinant Protein A-Agarose Beads

Recombinant Protein A-Biotin

Recombinant Protein A-thiol

Recombinant Protein A-tetramethylrhodamine 

Recombinant Protein A-FITC

Recombinant Protein A (withoutmodification)