CY3‑COOH，磺基‑CY3 羧酸，英文 Sulfo‑Cyanine3‑COOH，也叫 Cy3‑free acid，CAS 编号 146368‑13‑0，属于磺化花青素 3 类游离羧酸染料，分子带有磺酸基团与末端游离羧基，无氨基反应活性，是合成各类 CY3 活性荧光衍生物的基础原料，在荧光染料化学、光谱校准、染料衍生合成领域发挥重要作用。该染料母核为花青素三甲川共轭骨架，吲哚啉两端引入磺酸基团，*大提升分子水溶性，不需要有机助溶剂即可直接溶于水相缓冲液；末端为未活化羧酸基团，自身无法直接标记蛋白、抗体氨基，需要经过化学活化，转化为 NHS 活性酯、酰氯等活性形式之后，才可以用于生物分子共价标记。

光谱参数上，磺基‑CY3 羧酸激发*大值 550‑555nm，发射*大值 568‑570nm，呈现明亮橙橘色荧光，摩尔消光系数可达 150000M⁻¹cm⁻¹，量子产率处于 0.1‑0.3 区间，光谱适配实验室普遍配置的 532nm、555nm 激光器，匹配 TRITC/Cy3 标准滤光片组，和 FITC、Cy5 光谱区分度良好，适合多色荧光实验配套使用。磺酸基团修饰后，染料对 pH4‑10 区间环境不敏感，荧光强度受 pH 波动干扰小；但长时间强光照射依旧会发生光漂白，避光条件下储存固体粉末，母液避光低温保存，减少染料光降解。该染料可以通过紫外‑可见吸收光谱、荧光光谱、高分辨质谱、HPLC 完成纯度与结构表征，吸收峰位置是判断染料骨架完整度的重要指标。

在染料合成方向，CY3‑COOH 是制备各类 CY3 标记试剂的上游中间体。通过碳二亚胺缩合试剂，分子末端游离羧酸可以活化生成 Sulfo‑Cy3‑NHS‑ester，得到氨基反应型染料；也可衍生合成炔基、叠氮、马来酰亚胺官能团修饰的 CY3 系列产物，用于点击化学、巯基标记试剂制备。相较于非磺化 Cy3‑COOH，磺化版本衍生之后依旧维持高水溶性，得到的标记试剂适合标记抗体、酶等对有机溶剂耐受差的生物大分子，避免有机共溶剂带来蛋白变性风险。

在实验室应用层面，该游离羧酸染料常作为光谱参照标准品，用于荧光仪器校准，配置标准溶液标定荧光显微镜、酶标仪、流式细胞仪 Cy3 通道响应，用来校正仪器信号偏移。该分子也可作为阴性对照染料，用于标记实验空白对照组，对比活化 CY3 染料的标记效果，区分非特异性染料吸附与共价标记信号。该染料羧基未活化，直接与蛋白孵育不会产生共价偶联，仅会发生非特异性吸附。实验配置母液可以直接用水相缓冲液溶解，无需 DMSO 助溶；需要注意避免强还原剂，还原条件会破坏花青素共轭甲川桥，直接造成荧光淬灭。作为基础染料中间体，磺基‑CY3 羧酸是整个磺化 Cy3 试剂家族重要合成源头，支撑各类水溶性橙红色荧光探针开发。

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