蛋白标记的主要目的是监测生物过程、辅助检测（例如化合物的可靠定量、蛋白质修饰的特异性检测）或者纯化标记后的蛋白及其结合对象。蛋白质的标记能够提高检测灵敏度以及简化检测工作流程。

目前有多种蛋白质标记技术来帮助我们研究感兴趣的蛋白质的丰度、位置、相互作用、翻译后修饰、功能，乃至监测活细胞中的蛋白质运输等问题。目前有多种类型的标记物和标记方式可供选择，但是针对特定的应用应当选择适合的标记策略。

荧光蛋白标记：

将目的蛋白与荧光蛋白融合，则能够实现目的蛋白的细胞内观察，可用于多色标记和荧光共振能量转移（FRET）应用，用于可视化蛋白质与其他亚细胞结构的易位，研究蛋白质-蛋白质共定位，检测来自不同启动子的基因表达的开始，以及混合细胞群的分离。从早期的绿色荧光蛋白GFP发展到现在，我们已经拥有了覆盖多种光谱区域的荧光蛋白，包括绿色荧光蛋白、蓝色和蓝绿色荧光蛋白、黄色荧光蛋白、橙色荧光蛋白、红色荧光蛋白，不同光谱型的荧光蛋白在亮度、光稳定性、分子大小上有所不同。

荧光染料蛋白体外标记

荧光染料标记蛋白或多肽技术是常见的蛋白体外标记技术，除了GFP等融合表达荧光蛋白之外，目标蛋白经过荧光染料标记可以直接进行活体示踪、细胞分选等下游实验操作。

原理：荧光标记所依赖的化合物称为荧光物质。荧光物质是指具有共轭双键体系化学结构的化合物，受到紫外光或蓝紫光照射时，可激发成为激发态，当从激发态恢复基态时，发出荧光。蛋白荧光标记技术利用荧光物质共价结合在目标分子的某个基团上，利用它的荧光特性来提供被研究对象的信息。

应用和特点：活化的荧光染料，例如FITC、7-氨基-4-甲基香豆素（AMC）、罗丹明B（Rhodamine B）或Alexa Fluor染料等，可用于标记抗体或蛋白功能基团，生成分子探针并通过荧光成像进行检测。当用荧光染料化学标记特异性抗体或其他纯化的生物分子时，它们成为用于检测靶抗原或相互作用配偶体的荧光探针，应用于细胞成像、流式细胞术、蛋白质印迹和酶联免疫吸附实验（ELISA）。因为荧光标记物具有无放射物污染、操作简便等优点，使其在蛋白功能研究、药物筛选等许多研究领域的应用日趋广泛。

蛋白量子点标记

原理：量子点（Quantum Dots）是一种无机纳米结晶体，它可以根据其大小发出特定波长的荧光，它具有非常高的消光系数，其消光系数要比小分子荧光基团和荧光蛋白高出10~100倍，同时量子点的量子产率也很好。典型的量子点都含有一个CdSe或CdTe核心，外面包裹一硫化锌（ZnS）外壳。量子点的吸收波长范围覆盖从非常短的波长至略低于其发射波长的广阔范围，因此一束单波长激发光就可以让量子点达到多重发射。

应用和特点：目前研究出的水溶性量子点和油溶性量子点可以与抗体、链霉亲和素等分子进行偶联，应用于生物标记检测、高通量编码、活体成像及动态示踪等领域。不过结合了生物大分子的水溶性量子点体积较大（直径约10 nm~30 nm），从而阻碍了它通过细胞膜结构，因此只能用于经过透化处理的细胞，或者只能对胞外蛋白或可以被细胞内吞的蛋白进行研究。

荧光标记蛋白：

荧光标记的anti-CD4蛋白

荧光标记血小板糖蛋白

荧光标记甘露糖 6-磷酸-人血清白蛋白（M6P-HSA）

荧光标记热休克蛋白HSP27

荧光标记硒结合蛋白 1  SBP1

荧光标记锌指蛋白160

荧光标记微管蛋白α6  α-tubulin

荧光标记微丝蛋白质粒

荧光标记微管骨架蛋白质粒

荧光标记重组灵芝免疫调节蛋白

荧光标记的GSTP1蛋白

荧光标记乳蛋白

荧光标记抗原蛋白

荧光标记纳米颗粒包被哈氏弧菌抗原蛋白TssJ

荧光标记猪血源纤维蛋白

荧光标记自噬底物蛋白p62

荧光标记自噬特异性蛋白LC-3Ⅱ  

荧光标记骨桥蛋白 OPN

荧光标记当归蛋白(ASPR) 

荧光标记内质网跨膜蛋白PERK 

荧光标记力达霉素辅基蛋白    

荧光标记LDM辅基蛋白

荧光标记自噬特异性蛋白LC3-Ⅱ

荧光标记牛血纤维蛋白原

荧光标记hVDAC1重组蛋白