磷脂分子量约在500~900之间，是两亲性物质。分子中的酰基链部分构成疏水区，磷酸酯部分构成亲水区，疏水性大于亲水性。因此，磷脂在氯仿、甲醇等溶剂中溶解性较好，但在极性稍大些的溶剂中溶解性较低。一般来说，磷脂不溶解于丙酮，但是当酰基碳链碳原子数低于10时，磷脂可以溶解在丙酮中。磷脂一般在水中不溶解，会形成许多有序排列的液晶，该现象称为多态现象，这些相的形成和多种因素有关，例如磷脂结构、浓度、温度还有pH等。因此，利用磷脂在溶剂中的溶解性差异从磷脂混合物中分离单个磷脂很难实现。

多数高纯度的磷脂沸点都很高，例如:磷脂酰乙醇胺(PE)大约是200 ℃66l，磷脂酰胆碱(PC)大约在230°℃，但是具有相同碳原子数的脂肪酸的熔点要低得多，例如硬脂酸的熔点为69.7℃，而硬脂酸钠的熔点为300 C，磷脂的熔点与硬质酸钠的熔点值比较接近，所以磷脂的高熔点值与脂肪经链的长短以及不饱和度没有太大关系，而是与磷脂结构中基团之间的磷脂键有关，反映了磷脂的固态结构特性。

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